Depois do sumiço, parentes registraram boletim de ocorrência e fizeram buscas em vários locais da capital com ajuda de vizinhos. Grupos percorreram matagais, córregos, quadras próximas e até um lixão após boatos divulgados nas redes sociais.

No mês de junho a Secretaria de Segurança Pública (SSP) informou que, ao procurar pistas, a Delegacia Especializada de Polícia Interestadual, Capturas e Desaparecidos estava trabalhando com a hipótese de que a criança esteve com um homem de bicicleta nas proximidades da casa dela.

Ainda em junho a Polícia Civil descartou uma pista depois que conseguiu imagens da câmera de segurança de um ônibus onde um homem foi visto com uma menina. Após uma análise detalhada ficou verificado que não se tratava de Saphira Ferreira.

Em outubro de 2021 o caso voltou a ganhar repercussão. Isso porque a mãe de Saphira disse que uma blusa da filha apareceu no quintal de casa. A mulher acredita que a roupa era a mesma que a menina usava no dia em que desapareceu.